由於童年的悲慘遭遇,直枝理樹(堀江由衣 配音)的個性變得十分孤僻。長著一張娃娃臉,沉默寡言,沒有朋友,這樣的理樹成為了大家眼裡的怪胎。某一日,性格傲嬌愛貓如命的棗鈴(民安智惠 配音),正直開朗穩重可靠的棗恭介(綠川光 配音),四肢發達頭腦簡單的井之原真人(神奈延年 配音),成熟勇敢劍術一流的宮澤謙吾(織田優成 配音)四人出現在了絕望的理樹面前。他們自稱“Little Busters”,想要利用理樹的力量來完成拯救世界的重任。
就這樣,理樹成為了LB中的一份子,整日奔波解決一些說來宏大但其實十分平凡的委託。