超級大胖子金斯教授（艾迪•墨菲 Eddie Murphy 飾演）雖然學術高明，心地善良，但因為體型問題一直成為大家的笑柄。直到有一天，金斯教授發現自己研製的新藥成功了，這種藥水能改變小白鼠的DNA

聖誕節臨近，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）以及河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）決定正式告別馬達加斯加，回到久違的紐約共度佳節。冷冷清清的送別晚會沒能熄滅它們歸去的熱情，好夥伴們燃起熱氣球正式出發，可是卻被狐猴王朱利安當作紅色妖盜擊落下來。不久，真的紅色妖盜出現夜空，混亂之中亞歷克斯陰差陽錯將其打落，結果卻發現所謂的紅

延續前一集的劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鵝們，為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進行維修改造，併成功起飛。當大家已經開始慶祝終於可以回到紐約時，飛機卻意外降落，迫降到了非洲大草原上。在這兒，獅子亞歷克斯終於見到了它的父母。但是由於生活習性上太