1889年，世界正處於工業革命蓬勃發展的時代，國與國之間交往密切，距離一下子被拉近。然而貪婪仍是主流，歐洲列強在亞非地區展開掠奪，戰爭的陰影始終籠罩在世界的上空。當年在法國巴黎舉行的萬國博覽會上，酷愛發明的14少年讓（日高のり子 音）結識了來自馬戲團的女孩娜蒂婭（鷹森淑乃 音）。黑色的頭髮、褐色的皮膚以及周身散發的神秘氣質另讓倍感好奇，而他很快便和娜蒂婭捲入一場紛爭之中。鍾愛寶石的格蘭蒂斯及其兩個手下湯姆和漢森對娜蒂婭胸前佩戴的藍寶石展開圍追堵截，他們此時還不知道，這塊寶石隱藏著驚人的秘密。在接下來的日子

1991年6月29日（土）に東寶系にて劇場公開作品。 TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス號乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映畫序盤で斷続的に30分ほど続き、作畫はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。 當初はガイナックスが製作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレ