幕府時代末期，外憂內患，山河動盪，百姓生活困苦，且生命時刻受到威脅。少年心太因其善良純潔之心感動飛天御劍流高手比古清十郎，被其收入門下學習劍法，更名劍心。 在國家危難之際，年輕的劍心懷揣改變時代的夢想下山，加入奇兵隊，日後更被桂小五郎納入麾下，以劊子手的身份為時代的變革盡一份綿薄之力。年僅15歲的劍心接連刺殺多名政府要員，令對手聞風喪膽，直到某一天，一名下級武士在他的臉上留下一道無法癒合的傷疤。 來至京都尋找愛人的雪代巴邂逅了劍心，正是眼前這名瘦弱的男子將愛人從她的生命中帶走。巴走入劍心的生活，隨之經歷了

為了陪伴患有哮喘的弟弟星野歩（大橋步夕 配音）去鄉間修養，星野一馬（淺沼晉太郎 配音）毅然決然的放棄了學校的課程，來到了寧靜祥和的山比古町。哪知道，剛剛到達沒多久，就發生了讓一馬心跳加速的意外事件——自己和名叫中津川初（中村繪里子 配音）的陌生女孩子接吻了。雖然中津一副無所謂的樣子，但從此，一馬成為了她目光無法移開的焦點。 在小鎮裡，住著各式各樣性格單純而又善良的人們。容易害羞的神社女巫神本圓佳（清水愛 配音），目睹了意外之吻的傲嬌娘日向伊吹（青葉林檎 配音），成熟穩重的大姐姐藤堂紬（高橋智秋 配音）等，

為了救神谷薰（武井咲 飾），緋村劍心（佐藤健 飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治 飾）所救。深感到自身與志志雄真實（藤原龍也 飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文（小澤徵悅 飾）對劊子手拔刀齋發佈全國通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 飾）則匆匆向東京趕去。再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領四乃森蒼紫（伊勢谷友介 飾）的阻擊，他一路披荊斬棘，將迎來

幕府時代末期，外憂內患，山河動盪，百姓生活困苦，且生命時刻受到威脅。少年心太因其善良純潔之心感動飛天御劍流高手比古清十郎，被其收入門下學習劍法，更名劍心。 在國家危難之際，年輕的劍心懷揣改變時代的夢想