動畫作品《Little Busters! EX》是Key社出品的遊戲《Little Busters!》第三度動畫化的作品，前兩作分別是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。動畫將涉及原作遊戲的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的劇情。

平靜略顯無聊的日子裡，棗恭介（綠川光 配音）、棗鈴（民安智惠 配音）、井之原真人（神奈延年 配音）、宮澤謙吾（織田優成 配音）以及直枝理樹（堀江由衣 配音）等Little Busters的各位坐在一起

幼時曾深陷絕望深淵的直枝理樹，與4位少年少女相遇了。 在那之後數年，理樹作為Little Busters的一員，喧鬧地過著快樂的每一天。 這樣的時間能夠一直持續就好了。理樹所期望的只有這樣。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球隊伍， 理樹則開始了尋找成員的任務。 在這樣的過程中，理樹邂逅了新的成員們。 和大家一起參加試膽大會，潛入女生宿舍時被換上女裝，一起演人偶劇……。 經歷了許多快樂的事情， 同時也在大家的幫助下解決了各自擁有的煩惱。 最後在棒球比賽中，理樹確認了和最好的朋友們之間的牽絆。 ——然而，這並

由於童年的悲慘遭遇，直枝理樹（堀江由衣 配音）的個性變得十分孤僻。長著一張娃娃臉，沉默寡言，沒有朋友，這樣的理樹成為了大家眼裡的怪胎。某一日，性格傲嬌愛貓如命的棗鈴（民安智惠 配音），正直開朗穩重可靠的棗恭介（綠川光 配音），四肢發達頭腦簡單的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢劍術一流的宮澤謙吾（織田優成 配音）四人出現在了絕望的理樹面前。他們自稱“Little Busters”，想要利用理樹的力量來完成拯救世界的重任。 就這樣，理樹成為了LB中的一份子，整日奔波解決一些說來宏大但其實十分平凡的委託。