原本效力於慶林大學醫院的青年外科醫生司馬健吾（岡田將生飾），突然被派到經營狀況堪憂的大久保紀念醫院。胸懷正義感和使命感的健吾，在院長大久保志郎（小日向文世飾）、護士長春日井優佳（中谷美紀飾）、護士平井

　　進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）已經習慣了神穀道場的安寧生活。誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛，僥倖活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後，深感揹負不可推卸責任的劍心隻身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾），還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時，相樂左之助（青木崇高 飾）、神谷薫（武井咲 飾）、明神彌彥（大八木凱