歴史を守るために名刀から姿を変えた刀剣男士たち。ある日、彼らの本丸に、謎の男士が現れる。特命調査の出陣要請を求める彼は、放棄された世界、歴史改変された文久土佐藩への道を開いたと告げる。そして、調査