100年前，沙漠之都迪塞爾市因為寶可夢之間的戰鬥而遭受嚴重破壞。那場戰鬥的起因是由於一隻精靈寶可夢的存在。但是，這隻精靈寶可夢後來被某人封印了，現在的城市也找回了曾經的平靜在小智與皮卡丘一行人的旅途中

小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠製造出神奇的時空圓環，